La loi de finances pour 2009 (LOI n° 2008-1425 du 27 décembre 2008 de finances pour 2009) a adopté plusieurs mesures pour simplifier les droits collectés par l'AFssaps (article 177).

En particulier, en supprimant les derniers alinéas de l'article L.1123-8 du code de la santé publique, cette loi a supprimé les droits collectés pour la soumission d'une demande d'autorisation de recherche biomédicale (essais cliniques) ainsi que les droits collectés lors des demandes de modifications de la demande initiale.

Par ailleurs, la taxe sur les dispositifs médicaux pour l'année 2009 est fixée à 0,25 % du chiffre d'affaires annuel hors taxes réalisé en 2008 pour les entreprises ayant un chiffres d'affaires hors taxes de plus de 763 000 €.